突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣,变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗?2012年《福音战士新剧场版:Q》之后,这部动画讲述了被封印的故事的后续。
本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》:2092年,由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号,特殊的是,信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施