某富豪过世,他将大部分财产捐给各种慈善机构,只给自己专横跋扈的继女凯丽根·克里坦顿留下一幢位于缅因州的别墅。这幢名为维普斯大府庄园的别墅拥有很久的历史,如今早已破败不堪,无法住人。凯丽根起初愤怒不已,
2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时