2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将
太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。
故事发生在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳……17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。
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