和我们一起，继续成长的物语。阿良良木历的物语结束了。以地狱般的春假为开端，历经各种因缘际会，阿良良木历高中生活最后的一年结束了——原本是这么想的。但就在毕业典礼结束的第二天早晨，发生了意想不到的事态。
故事讲述的是空白兄妹诞生的6000年前，和兄妹两非常相似的里克、休比的故事。
这是一个人类失去制海权的世界。蹂躏大海的威胁叫做“深海栖舰”。可以与这种威胁进行对抗的，只有被称为“舰娘”的继承了存活舰艇之魂的女孩们。对抗深海栖舰的舰队据点就是“镇守府”。
三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻和茵蒂克丝揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
银河机攻队讲述20世纪产业革命的大跃进之后，受到地球资源日益枯竭影响的人类，开始向宇宙寻求新的生存空间。为了适应宇宙环境，人类开始了对人体的改造。
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