某一天,宇宙人西里里来到小新家中,并使用特使光线把小新变回了年轻时代,如果想恢复现状,必须帮助西里里找回自己的父亲。
故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里,告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚,野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。