海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。
故事背景设定在太平洋战争中后期，日本海军在中途岛海战中被美海军大败；第一机动舰队4艘航母被击沉；联合舰队司令长官山本五十六大将战死，太平洋上各岛屿的日军守备部队先后覆没，日海军处于严重不利的形势。
近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用
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