哥斯拉突然从北极的冰中出现！哥斯拉击沉核潜艇海洋号，更破坏北极的军事基地后开始南下。同样的时候，在太平洋制药宣传部，那公司为提高节目的收看率打算使用发俄岛上的魔神，樱井和古江的两名宣传人员便去了发俄岛。他们发现岛上出现的魔神就是金刚。于是把他弄晕带到日本，不久在运送金刚的船遭日本**拦截，但那时金刚突然从麻醉中苏醒，在运输船上跑出来，游向日本，而且更在那须高原初次与哥斯拉对决。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得胜利，金刚被打败吗？
同时自卫队正进行“火焰攻击大作战”，把汽油倒入河中然后燃点着火，哥斯拉竟然没有直接渡过河流。不过哥斯拉在高压电流前竟不能突破，还被吓走了。
另一方面，逃走了的金刚面对阻挡哥斯拉的电塔竟轻易被他突破，而且在发疯地吃着美味的电流，金刚终于到达市中心，更捉了樱井的妹妹作为人质登上国会会议厅，自卫队便利用法罗岛体细胞莓汁展开“美味果汁迷迷糊糊大作战”莓汁从天而降，在空中爆炸洒落在金刚身上，令金刚晕倒了。
自卫队防止金刚破坏城市，又展开“气球输送大作战”，大气球绑在金刚身上，带着它往富士地区，被运送到富士高原的金刚，与哥斯拉再次决斗，哥斯拉再把金刚打倒，更放出放射火焰令森林着火。幸好有股雷暴经过，闪电击中金刚，电流被吸进金刚身体中，令他醒来，变成超级撒亚人般。
金刚再战哥斯拉，金刚使出雷击拳，双手找著哥斯拉的尾巴，然后三百六十度一转把哥斯拉抛到另一处再战，把热海城彻底破坏，最后2头怪兽更滚下山跌入海中。不久在海上只看到金刚的身影，哥斯拉被打败了。
其实东宝为了不想得罪美国，在故事中，哥斯拉是被打败，但为巩固哥斯拉在日本
怪兽王的地位，却在官网写成平手！哥斯拉和金刚共战3场，富士山1败，电塔1胜，热海城1胜。
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